Ks. prof. dr hab. Zygmunt Hajduk opublikował około dwustu pięćdziesięciu pozycji, w tym dwie monografie (O akceptacji teorii empirycznej, 1984; Temporalność nauki. Kontrowersyjne zagadnienia dynamiki nauki, 1995), dwa podręczniki akademickie (Ogólna metodologia nauk, 20115; Metodologia nauk przyrodniczych, 2002) i książkę (Filozofia przyrody - Filozofia przyrodoznawstwa: Metakosmologia, 2007), którą można zaliczyć do grupy pozycji stanowiących jednocześnie monografię, podręcznik oraz polemikę (N. Rescher, I. Niiniluoto). Tego rodzaju publikacją jest też książka Nauka a wartości: Aksjologia nauki - Aksjologia epistemiczna. Jej treściowym wyróżnikiem jest potraktowanie całości uwzględnionej problematyki jako jednego z działów filozofii nauki. Obok aksjologii nauki należą do tejże filozofii: ontologia nauki, semantyka, epistemologia i metodologia nauki. Autor tych prac prowadzi(ł) zajęcia dydaktyczne w kilku krajowych ośrodkach akademickich (w tym także w wyższych seminariach duchownych) i za granicą (Francja, Ukraina).