Jakie implikacje niesie za sobą analiza najnowszych odkryć w epigenetyce i naturalnej inżynierii genetycznej dla teorii ewolucji? Jaką niezwykłą, aktywną rolę według tych danych odgrywa DNA w procesie przemian adaptacyjnych? James A. Shapiro zaproponował nowy paradygmat, który może okazać się przełomowy nie tylko dla biologii ewolucyjnej, ale całkowicie zmienić nasz obraz funkcjonowania życia. Przedstawia nowe, kluczowe świadectwa molekularne, które podają w wątpliwość standardowe ujęcie przedstawiane w ramach neodarwinizmu. Na gruncie naturalizmu metodologicznego autor rozwija koncepcję naturalnej inżynierii genetycznej, zgodnie z którą komórki mają zdumiewającą zdolność domodyfikowania materiału genetycznego wodpowiedzi nastres środowiskowy. Oznacza to nie tylko, że DNA może ulegać drobnym modyfikacjom pod wpływem zmieniających się warunków środowiska, ale także, że mogą powstawać zupełnie nowe struktury DNA odpowiedzialne za ewolucyjne nowości. Shapiro argumentuje, że koncepcje naturalnej inżynierii genetycznej, horyzontalnego transferu genów, hybrydyzacji międzygatunkowej, duplikacji genomu isymbiogenezy wskazują na potrzebę zmian w biologii ewolucyjnej, która dzięki temu może zejść ze ścieżki spekulacji i wkroczyć na drogę empirycznie potwierdzonej teorii mogącej ostatecznie rozwiązać darwinowską tajemnicę tajemnic, czyli wyjaśnić pochodzenie całej bioróżnorodności.